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¿Cuál es el problema?
Las proteínas son mediadores esenciales en los procesos biológicos. Entender cómo y por qué interactúan entre sí y con otras moléculas es crucial para revelar su mecanismo de acción, ya que, una vez comprendido, puede aprovecharse. Algunos ejemplos son los fármacos que inhiben ciertas proteínas causantes de enfermedades, la potenciación de la función catalítica de las enzimas para mejorar el rendimiento de las reacciones o el análisis estructural de la nucleocápside de los virus con fines de administración de fármacos. Por desgracia, incluso con las técnicas de modelización más avanzadas, es imposible determinar la función estructural y las interacciones de una proteína basándose principalmente en la secuencia de aminoácidos.
¿Cómo lo resuelven?
¿Qué hace que una proteína interactúe con otras proteínas o moléculas? ¿Puede encontrarse esta información en su secuencia de aminoácidos? GEOPROT es un modelo general para proteínas que ayuda a identificar cierta "coherencia estructural" de las proteínas a partir de su secuencia de aminoácidos. En otras palabras, nuestro método de cálculo "decodifica'' la secuencia de aminoácidos y encuentra las reglas geométricas que rigen la estructura terciaria, y esto ayuda a predecir las funciones de las proteínas, como la interacción proteína-proteína. No hacemos predicciones de la estructura terciaria de las proteínas per se, sino que determinamos las propiedades geométricas subyacentes de la estructura que sobreviven a la dinámica de las interacciones proteicas.
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